در لایحه پیشنهادی برنامه ششم توسعه که سازمان مدیریت به دولت پیشنهاد کرده و نیاز به مصوبه دولت و مجلس دارد، آمده است: به منظور انسجام بخشی به نظام آموزش عالی کشور و ارتقای سطح علمی دانشگاه ها و بهره وری بر اساس اقتصاد مقاومتی، وزارتخانه های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی بر اساس شاخصهایی نظیر جمعیت، سابقه تاسیس و مختصات جغرافیایی، موظفند نسبت به ادغام ساختار و بودجه دانشگاهها و موسسات آموزش عالی دولتی و یا واگذاری آنها به بخش غیر دولتی با تصویب شورای عالی اداری تا پایان سال اول برنامه اقدام کنند.
حداکثر تعداد واحدهای دانشگاهی در هر استان به تصویب هیات وزیران می رسد. همچنین، تمامی واحدهای دانشگاه های علمی کاربردی وابسته به دستگاههای اجرایی و ۵۰ درصد واحدهای دانشگاه پیام نور تا پایان سال دوم برنامه ششم منحل و یا به بخش خصوصی واگذار می شود.